Enligt domaren bestod hennes brott i att hon var frånskild och enligt al-Shababs tolkning av Sharialagarna anses det som otrohet att ha ett förhållande även efter en skilsmässa.
Mannen dömdes till 100 piskrapp, medan kvinnan alltså stenades till döds.
Straffen verkställdes i tisdags inför en folkmassa på ett par hundra människor i en liten by nära staden Wajid, inte långt från Somalias gräns till Etiopien.
Enligt BBC:s korrespondent var detta den fjärde avrättningen genom stening för påstådd otrohet i Somalia på ett år.
